Значительную роль в деле закрытия арестантского отделения сыграл один из последних настоятелей монастыря – архимандрит Серафим (Л.М. Чичагов). Он не предполагал, что в недалеком будущем сам станет арестантом и будет расстрелян на Бутовском полигоне под Москвой в 1937 г.

В 1923 г. в монастыре был организован один из политических изоляторов для «перевоспитания» идейных противников новой власти. В «Суздальской Бастилии» были в заточении такие известные в стране люди, как бывший директор Государственной публичной библиотеки В.И. Невский, экономист с мировым именем Н.Д. Кондратьев, один из организаторов знаменитой советской денежной реформы 1922–1924 годов Л.Н. Юровский.

В экспозиции есть раздел о массовых репрессиях 1920–1950-х гг. Об этом рассказывают документы и фотографии, книги, уникальные предметы, чудом сохранившиеся до наших дней: наручники, лагерный номерной знак, самодельный молитвенник и другие личные вещи репрессированных.

С 1940 г. до 1946 г. на территории Спасо-Евфимиева монастыря находились военные: вначале интернированные офицеры чешского легиона бывшей польской армии, затем солдаты и офицеры Красной армии, которых «проверяли» после пребывания в плену и окружении. В фильтрационном лагере, закрытом 1 января 1943 г., прошли проверку 8232 человека. Потом в лагерь стали поступать военнопленные немецкой армии из разгромленной под Сталинградом группировки фельдмаршала Ф. Паулюса. Летом 1943 года более двух месяцев в одном из корпусов содержался сам Ф. Паулюс.

После закрытия офицерского лагеря для военнопленных, с 1946 по 1967 г., на территории монастыря размещались трудовые и воспитательные колонии для несовершеннолетних. Эта часть экспозиции возникла благодаря снятию грифа секретности с большинства документов государственных и ведомственных архивов.